এলাকায় ইসলামী শিক্ষা প্রসারের জন্য নওগাঁ জেলার পত্নীতলা উপজেলার কৃষ্ণপুর ইউনিয়নে খলনা গ্রামে একটি মাদরাসা প্রতিষ্ঠার লক্ষ্যে স্থানীয় শিক্ষনুরাগী ব্যক্তিদের উদ্যোগে এলাকায় গণ্য মান্য  ব্যক্তি বর্গের উপস্থিতিতে ১৯৬৭ ইং সালে একটি সভা অনুষ্ঠিত হয়। উক্ত সভায় এলাকার স্বনামধন্য ব্যক্তিত্ব আলহাজ্ব শাহাদাত হোসেন মন্ডল (মৃত), আলহাজ্ব নিজাম উদ্দীন সরকার (মৃত), আলহাজ্ব খাজীরউদ্দীন (মৃত) সহ খলনা গ্রাম ও আশে পাশের বিভিন্ন গ্রামের বিভিন্ন ব্যক্তি বর্গের অক্লান্ত প্রচেষ্টায় মাদরাসাটি বর্তমান স্থানে প্রতিষ্ঠিত হয়ে খলনা ইসলামিয়া ফাযিল মাদরাসা নামে ১৯৬৭ ইং সালে প্রতিষ্ঠা লাভ করে। উল্ল্যেখ থাকে যে, মৌলভী হোসাইন আলী (হেকিম হুজুর) এর মাধ্যমে ফোরকানিয়া স্তর লাভ করে এরপর জনাব মাওলানা হাসানুজ্জামান সাহেব (প্রথম সুপারিনটেনডেন্ট) এর সহযোগীতায় ১৯৬৯ এবং ১৯৭০ সালে মাদ্রাসাটি দাখিল এবং আলিম স্তর পর্যন্ত পাঠদানের স্বীকৃতি লাভ করে। ১৯৭৪ সালে মাওলানা আলী হোসাইন সাহেব অত্র মাদরাসায় অধ্যক্ষ হিসেবে দায়িত্ব গ্রহণ করেন এবং তাহার  প্রচেষ্টায় ১৯৮৭ সালে ফাযিল স্বীকৃতি লাভ করে।  তিনি ২০০২ সাল পর্যন্ত সুনামের সহিত দায়িত্ব পালন করেন এবং শারীরিক অসুস্থতার কারণে স্বেচ্ছায় পদত্যাগ করেন। এরপর মোঃ আব্দুল মতিন সরকার ২০০৩ সালে অধ্যক্ষ হিসেবে যোগদান করে অদ্যবধি পর্যন্ত অত্র মাদ্রাসাটি সুনামের সহিত পরিচালনা করে আসছেন। অত্র মাদরাসার প্রতিষ্ঠা লগ্ন হইতে আজ অবধি  বিভিন্ন সময়ে গঠিত মাদরাসা পরিচালনা কমিটি  দক্ষতার সহিত দায়িত্ব পালন করিয়া মাদরাসার সার্বিক উন্নয়ন সাধন করেন। উল্ল্যেখ থাকে যে অত্র মাদ্রাসায় খলনা, নরটুলী, গোপীরামপুর, গয়ারপুর, খেলনা, পানিওড়া, কৃষ্ণপুর, আখিরা, সুবর্ণপুর, চকশ্রাম, গুটিন, দেবীপুর, গুণ, পরাণপুর, লোদীপুর, সরকারপাড়া, লালমাটিয়া, কৈবত্যখন্ড সহ বিভিন্ন গ্রাম থেকে কোমলমতি শিক্ষার্থীরা  পাঠদান গ্রহণ করিতে আসে।